ในส่วนการขึ้นทะเบียนเครื่องมือแพทย์นั้น การขึ้นทะเบียนจะถูกแยกด้วยความเสี่ยงของเครื่องมือแพทย์ชนิดนั้นๆ โดยจะแยกเป็นทั้งหมด 4 class ดังนี้
1. เครื่องมือแพทย์ CLASS 1 คือ เครื่องมือแพทย์ที่มีความเสี่ยงน้อยที่สุด ส่วนใหญ่แล้วเครื่องมือแพทย์ที่อยู่ในคลาสนี้ ก็จะเป็นเครื่องมือแพทย์ที่ใช้ภายนอกร่างกาย เช่น แมสท์ หมวกคลุมผมทางการแพทย์ ถุงมือยางทางการแพทย์ เป็นต้น

2. เครื่องมือแพทย์ CLASS 2 คือ เครื่องมือแพทย์ที่มีความเสี่ยงมากว่าคลาส 1 ส่วนใหญ่แล้วเครื่องมือแพทย์ในคลาสนี้ก็จะเป็นเครื่องมือแพทย์ที่จะต้องรุกล่ำเข้าไปในร่างกายโดยใช้ระยะเวลาสั้นๆ และ ใช้ไฟฟ้า รุกล่ำ เช่น เครื่องผ่าตัดใช้ไฟฟ้า เครื่องเลเซอร์ เครื่องช่วยฟัง เข็ม หรือ เครื่องที่ใช้ร่วมกับเครื่องมีกำลังต่างๆ เป็นต้น

3. เครื่องมือแพทย์ CLASS 3 คือ เครื่องมือแพทย์ที่มีความเสี่ยงมากแต่ก็จะไม่ได้ต่างกันมากกับเครื่องมือแพทย์คลาส 2 โดยเครื่องมือแพทย์ในคลาสนี้จะเป็นเครื่องที่ฝังในร่างกายเวลานาน หรือตรวจคลื่นหัวใจ เช่น ซิลีโคน เครื่องเช็คค่าออกซิเจน เครื่องตรวจค่าหัวใจ เครื่องฆ่าเชื้อเครื่องมือทางการแพทย์ เป็นต้น

4. เครื่องมือแพทย์ CLASS 4 คือ เครื่องมือแพทย์ที่มีความเสี่ยงมากที่สุดโดยเครื่องมือแพทย์ที่อยู่ในคลาสนี้นั้นจะเป็นเครื่องมือแพทย์ที่มีส่วนผสมของยา เนื้อเยื้อ เช่น เครื่องบริหารยา ถุงยางอนามัย หรืออุปกรณ์หรือเครื่องมือที่ฝังเข้าไปในร่างกายแทบจะถาวร เป็นต้น
*การแยกประเภทตาม Class นั้นยังมีรายละเอียดเชิงลึกต่างๆที่จะต้องทำการจัดประเภทให้แน่นอนก่อนที่เราจะยื่นเรื่องเข้าระบบ หากเรายื่นผิดอาจจะทำให้เราเสียค่าธรรมเนียมและเสียเงินไปโดยใช้เหตุ